اسامی کمیته‌های تخصصی که از سال 1380 تا کنون در طرح فعالیت دارند عبارتند از:

  • کمیته تخصصی مدیریت منابع آب
  • کمیته تخصصی مهندسی رودخانه و سواحل
  • کمیته تخصصی آبیاری و زهکشی
  • کمیته تخصصی سد و تونل‌های انتقال
  • کمیته تخصصی آب
  • کمیته تخصصی فاضلاب
  • کمیته تخصصی محیط‌زیست
  • کمیته تخصصی مطالعات اقتصادی، تعرفه و خصوصی‌سازی (در سال‌های قبل با عنوان بررسی‌های اقتصادی و از تاریخ 9/2/88 با عنوان جدید شروع به فعالیت نموده است.)
  • کمیته تخصصی مطالعات حقوقی، اجتماعی و میراث فرهنگی (از 28/1/88 شروع به فعالیت نموده است.)
  • کمیته تخصصی نیروگاه‌های برقابی (از 3/11/88 شروع به فعالیت نموده است.)
  • کمیته تخصصی نظام فنی اجرایی (از 22/2/89 شروع به فعالیت نموده است.)